WPARE10

Ardak/3/Alpha/Durra//CWB117-77-9-7

۹

۸۵

WPARE10

Uzno-Kazakastan

همان گونه که قبلاً ذکر گردید مبنای تشکیل درخت فیلوژنی در این آزمایش میزان همولوژی ژن­های مورد مطالعه بوده است. هرچه مقدار همولوژی مناطق ژنی مورد مطالعه بین ژنوتیپ­ها بیشتر بوده، آن­ها در گروه ­های نزدیک به هم یا در یک زیرگروه طبقه ­بندی شده ­اند و با کاهش همولوژی، فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ­ها افزایش یافته و آن­ها در گروه ­های مستقلی گروه­بندی شده ­اند. بر این اساس تأثیر همه انواع پلی­مورفیسم­های نوکلئوتیدی از جمله حذف و اضافه و تکرار نوکلئوتیدی و نیز انواع موتاسیون­های همگن و غیر همگن در ایجاد تنوع، آنالیز و بررسی گردید. تعداد زیاد انواع موتاسیون نوکلئوتیدی در ژن CBL4 در مقایسه با ژن HKT1 (5/7 برابر) با مقایسه درخت فیلوژنی این دو ژن نیز قابل تفسیر و تأیید می­باشد. زیرا ژن HKT1 دارای یک کانتیگ پیوسته فاقد اینترون در منطقه اگزونی بوده و گروه­بندی ژنوتیپ­های آزمایشی برای این ژن به صورت یک درخت فیلوژنی با تعداد کمی شاخه اصلی و تعداد زیادی شاخه فرعی و زیر گروه بوده است. در حالی که گروه­بندی ژنوتیپ­های مورد مطالعه برای ژن CBL4 در هفت کانتیگ مجزا انجام گرفته و هر کانتیگ دارای مناطق اگزونی و اینترونی بوده است. تعداد زیاد کانتیگ­ها نشان دهنده میزان زیاد تنوع نوکلئوتیدی در هر کانتیگ می­باشد که دلایل احتمالی آن اثرات شدید انتخاب و سازگاری برای این ژن است. نتایج این مطالعه نشان داد که دسته­بندی ارقام در گروه ­های اصلی و فرعی بر اساس قرابت ژنتیکی آن­ها بوده و مستقیماً تحت تأثیر منشأ ژنتیکی آن­ها قرار گرفته است. زیرا برخی ارقام علی رغم اینکه در کشورهای مختلف کشت می­گردند به دلیل دارا بودن منشأ ژنتیکی مشترک در یک گروه اصلی یا فرعی قرار گرفته­اند (مانند بعضی ارقام ایرانی و ارقام متعلق به کشور لیبی). همچنین برخی ارقام ایرانی تنوع و فاصله ژنتیکی زیادی نسبت به هم نشان دادند و پس از بررسی منشأ ژنتیکی آن­ها مشخص گردید که دارای منشأ متفاوتی بوده ­اند. ارقام مورد مطالعه از نظر ژن HKT1 تنوع ژنتیکی کمتری با یکدیگر نشان داده و بر خلاف آن، از نظر ژن CBL4 دارای تنوع ژنتیکی بسیار زیادی بودند.

( اینجا فقط تکه ای از متن درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. )

شبیر و همکاران (۲۰۱۱) فیلوژنی مرتبط با ۲۰ توالی نوکلئوتیدی ژن OLR1 را در دو نژاد بوفالوی جعفر آبادی و سورتی براساس همولوژی مناطق ژنی موردآنالیز و بررسی قرار دادند. پاسکو و همکاران (۲۰۱۱) با بهره گرفتن از سه قطعه ژن هسته­ای، که احتمالاً از نظر تکاملی مستقل هستند، در ۲۹ خانواده از ماکیان­ها به یک توپولوژی دست یافتند که با درخت تجمعی مولکولی تأیید گردید. آن­ها با بهره گرفتن از بازیابی توپولوژی، تأثیر نسبی حذف و اضافه­ها و جابجایی­های نوکلئوتیدی را ارزیابی کردند. آن­ها برای تعیین نقش حذف و اضافه نوکلئوتیدی در تفکیک فیلوژنی سه نوع آنالیز انجام دادند: آنالیز همه داده ­ها، آنالیز داده ­های مرتبط با جابجایی نوکلئوتیدی و آنالیز داده ­های حاصل از حذف و اضافه نوکلئوتیدی. ابراهیمی و همکاران (۱۳۸۹) تنوع ژنتیکی ۷۳ نمونه جوی ایرانی که از دو گونه هوردئوم وولگار و هوردئوم اسپانتانئوم بودند را با ۱۵ جفت نشانگر ریز ماهواره ارزیابی نمودند. نتایج آزمایشات آن­ها در درخت فیلوژنی نشان داد که گروه­بندی ارقام و ژنوتیپ­های متعلق به دو گونه متفاوت، بر اساس منشأ جغرافیایی آن­ها صورت گرفته و بر این اساس داده ­های آن­ها در سه گروه اصلی طبقه ­بندی گردید. آن­ها دلیل شباهت ژنتیکی و نیز نزدیکی نمونه­های متعلق به دو گونه متفاوت در یک گروه را تغییرات ژنتیکی مشابه در مواجهه با شرایط آب و هوایی مشابه در طی زمان طولانی ذکر نموده ­اند. متیوس و هایز (۲۰۰۲) و فنگ و همکاران (۲۰۰۶) نیز گزارش دادند که الگوی گروه­بندی ژنوتیپ­ها با منشأ و پراکنش جغرافیایی آن­ها ارتباط دارد.
۳-۷ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن HKT1
این نقشه هضم آنزیمی، محل برش آنزیم­ های مختلف برشی را در طول قطعه تکثیر شده ژن HKT1 که توالی آن در شکل ۳- ۱ به صورت رنگی نمایش داده شده است نشان می­دهد. همان­گونه که در شکل ۳- ۱۰ مشاهده می­گردد محل دقیق هضم آنزیمی هر یک از آنزیم­ های برشی روی قطعه ژنی مربوط در داخل پرانتز نشان داده شده است. به عنوان مثال آنزیم BamH1 در محل نوکلئوتید شماره ۱۶۲ این قطعه ژنی را برش می­دهد. این قطعه یک بار توسط آنزیم­ های BamH1 و HincII، دو بار توسط آنزیم­ BstXI و سه بار توسط آنزیم EcoRI برش داده می­ شود. اگر موتاسیون­های نوکلئوتیدی در هر یک از این محل­های برش آنزیمی واقع گردند از نظر ژنتیکی دارای اهمیت بسیار زیادی می­باشند. زیرا می­توان از آنزیم مربوط برای جداسازی قطعه حامل این موتاسیون استفاده کرده و برای اهداف گوناگون و با ارزش ژنتیکی و مولکولی بهره گیری نمود.

شکل ۳- ۱۰ نقشه هضم آنزیمی ژن HKT1
محل دقیق وقوع موتاسیون­های نوکلئوتیدی در این قطعه ژنی از طریق آنالیز توالی نوکلئوتیدی این قطعه در ژنوتیپ­های آزمایشی به کمک نرم افزار CodonCode Aligener، بررسی شده و با محل برش آنزیم­ های برشی مقایسه گردید. این مقایسه نشان داد که محل وقوع موتاسیون نوکلئوتیدی در ۸۴ ژنوتیپ دقیقاً در محل برش آنزیم EcoRI و وقوع موتاسیون در یک ژنوتیپ در محل برش آنزیم HincII واقع شده است. بنابراین می­توان گفت که این نقشه هضم آنزیمی دارای ارزش و اهمیت بسیار زیادی در مطالعات مختلف ژنتیکی از جمله جداسازی و کلون کردن قطعات مورد نظر ژن که حامل موتاسیون می­باشند، تعیین نقشه و سایر مطالعات مربوط به موتاسیون­ها می­باشد. مشخصات کامل این موتاسیون­های نوکلئوتیدی که در محل هضم آنزیمی این دو آنزیم واقع شده ­اند در جدول ۳- ۱۴ آورده شده است.
جدول ۳- ۱۴ مشخصات موتاسیون­های نوکلئوتیدی در محل هضم آنزیم­ های برشی در قطعه تکثیری ژن HKT1

نام آنزیم

نوع موتاسیون

تعداد ژنوتیپ­های حامل این موتاسیون

محل برش آنزیمی
(شماره باز)

توضیح وضعیت موتاسیون

HincII

حذف و اضافه هموزیگوت

یک ژنوتیپ

۳۰۲

اضافه شدن یک باز سیتوزین در منطقه کد کننده ژن

EcoRI

حذف و اضافه هموزیگوت

۸۴ ژنوتیپ

۱۳۰۰

اضافه شدن یک باز آدنین در منطقه کد کننده ژن

۳-۸ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4
نقشه هضم آنزیمی کانتیگ­های ژن CBL4 در شکل­های ۳- ۱۱ تا ۳- ۱۷ نشان داده شده است.
کانتیگ اول:

شکل ۳- ۱۱ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری ژن CBL4 در کانتیگ اول

موضوعات: بدون موضوع  لینک ثابت


فرم در حال بارگذاری ...