۲-۲-۲-۲- صفحه های بتا…………………………………………………………………………………………۳۳۲-۲-۳- ساختار سوم………………………………………………………………………………………………..۳۳۲-۲-۴- ساختار چهارم……………………………………………………………………………………………..۳۳۲-۳- اسیدآمینه………………………………………………………………………………………………………..۳۴۲-۴- ساختار اسیدهای آمینه……………………………………………………………………………………..۳۵۲-۵- ایزومری در اسیدهای آمینه……………………………………………………………………………..۳۶۲-۵-۱- ساختار و نماد تعدادی اسیدآمینه…………………………………………………………………..۳۶۲-۶- مولکول آب………………………………………………………………………………………………….۴۶۲-۶-۱- مدلهای آب……………………………………………………………………………………………….۴۶فصل سوم: دینامیک مولکولی۳-۱- مقدمه…………………………………………………………………………………………………………………۵۱۳-۲- معادلات حرکت………………………………………………………………………………………………….۵۳۳-۳- دینامیک نیوتنی………………………………………………………………………………………………….۵۴۳-۴- شرایط مرزی تناوبی…………………………………………………………………………………………..۵۶۳-۴-۱- اثرات سطحی……………………………………………………………………………………………….۵۶۳-۴-۲- از بین بردن اثرات سطحی……………………………………………………………………………..۵۷۳-۵- نیروهای کوتاه برد……………………………………………………………………………………………..۵۹۳-۶- محاسبه نیروهای بلند برد……………………………………………………………………………………۶۰۳-۷- سازماندهی شبیه سازی………………………………………………………………………………………۶۰۳-۷-۱- شرایط حالت………………………………………………………………………………………………..۶۰۳-۸- شرایط مرزی……………………………………………………………………………………………………۶۱۳-۹- سازماندهی شبیه سازی……………………………………………………………………………………..۶۱۳-۹-۱- مرحله آغازین………………………………………………………………………………………………۶۱
۳-۹-۲- مقدمات………………………………………………………………………………………………………۶۱
۳-۹-۳- شرایط اولیه برای اتمها………………………………………………………………………………….۶۲

( اینجا فقط تکه ای از متن فایل پایان نامه درج شده است. برای خرید متن کامل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. )

۳-۱۰- تعادل……………………………………………………………………………………………………………۶۲۳-۱۱- تولید…………………………………………………………………………………………………………….۶۴۳-۱۲- ارزیابی قابل اطمینان بودن نتایج……………………………………………………………………….۶۴۳-۱۲-۱- تعادل………………………………………………………………………………………………………..۶۴۳-۱۲-۲- بررسی قوانین بقا……………………………………………………………………………………….۶۴۳-۱۲-۳- بررسی مقادیر خواص مختلف…………………………………………………………………….۶۵فصل چهارم: معرفی پتانسیل ها و نرم افزارهای بکار رفته۴-۱- پتانسیل ترسوف…………………………………………………………………………………………….۶۷۴-۲- پتانسیل لنارد-جونز……………………………………………………………………………………….۶۸۴-۳- میدان نیروی چارم…………………………………………………………………………………………۷۰۴-۴- ویژگیها و قابلیت‌های برنامه لمپس…………………………………………………………………….۷۱۴-۵- نرم افزار پکمول……………………………………………………………………………………………۷۲فصل پنجم: شبیه سازی و نتایج۵-۱- مقدمه………………………………………………………………………………………………………….۷۵۵-۲- شروع شبیه سازی…………………………………………………………………………………………۷۵۵-۳- نتایج شبیه سازی…………………………………………………………………………………………..۷۸۵-۳-۱- نوسانات دما بر حسب زمان شبیه سازی………………………………………………………۷۹۵-۳-۲- نوسانات فشار حول مقدار متوسط یک اتمسفر…………………………………………….۸۱۵-۳-۳- نوسانات چگالی سیستم در طول زمان شبیه سازی………………………………………..۸۲۵-۳-۴- تغییرات شعاع ژیراسیون پروتئین………………………………………………………………..۸۳۵-۳-۵- بررسی انرژی واندروالسی……………………………………………………………………………..۸۶۵-۳-۶- فاصله پروتئین و گرافن بر حسب زمان…………………………………………………………..۸۸۵-۳-۷- تغییرات فاصله اسیدآمینه ها و گرافن بر حسب زمان………………………………………..۸۹۵-۳-۸- بررسی حرکت پروتئین بر روی سطح گرافن…………………………………………………..۹۱۵-۴- نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………………….۹۲فهرست منابع…………………………………………………………………………………………………………..۹۴چکیده انگلیسی……………………………………………………………………………………………………….۹۷
فهرست شکل ها
عنوان صفحه